Veľké zmeny nastávajú koncom 9. storočia, príchodom prvých maďarských kmeňov. Ostrihom sa stal prvým sídlom uhorských kráľov z rodu Árpádovcov a tento fakt mal veľký význam na rozvoj osady Kakath,založenej na mieste dnešného Štúrova. Prvú písomnú zmienku o obci nájdeme v zakladacej listine opátstva v Hronskom sv. Beňadiku z roku 1075, vydanej Gejzom I., v ktorom panovník daroval kláštoru desať domov prievozníkov a časť pôdy nachádzajúcej sa v chotári Kakathu. Ďalšie listiny z obdobia Gejzu II. a Ondreja II. svedčia o soľnom a prístavnom mýte, čím sa Kakath stal významnejšou osadou. Roku 1189 zaví- tal do Kakathu a Ostrihomu nemecký cisár Fridrich I. Barbarossa. Podľa dobových prameňov ho privítali kráľ Bela III. s manželkou Margitou, ktorá Barbarossu obdarila rozmerným a nádherným stanom, ktorý mu postavili na tunajšej strane. Nemec- ký cisár sa poberal so svojim križiackym vojskom na výpravu do Svätej zeme.
  Po vymretí Árpádovcov sa v Uhorsku odohrali boje o nástup- níctvo na trón. V júni 1304 prichádza do krajiny český kráľ Václava II, aby získal korunu uhorského kráľa pre svojho syna Václav III. Po utáborení sa v Kakathe vyzval ostrihomského arcibiskupa Michala, aby vydal korunu pre jeho syna, ale ten to odmietol. Na základe vizitačných a daňových protokolov zo 14. a 15. storočia tvrdíme, že Kakath bol významnou osadou aj v tých časoch.

Keď Turci roku 1541 obsadili Budín, osud krajiny rozdelenej na tri časti bol spečatený. Ich následné 150-ročné panstvo prinieslo pustošenie a množstvo vojen, pričom Uhorsko neustále hľadalo možnosť znovuzískania samostatnosti spod jarma Turkov ale aj Habsburgovcov. Kakath ležal na hranici okupovaného územia, a tak sa dostal do víru protitureckých bojov a stavovských povstaní.
  Roku 1543 sa Turkom podarilo dobyť Ostrihom a následne obsadili aj Kakath. Keďže Turci postrehli strategický význam tohto miesta, vybudovali západnejšie od zničeného Kakathu, v miestach, kde stojí dnešný r.k. kostol silné predmostie. V liste arcibiskupa Pavla Várdayho (1526-1549) sa píše o "novej pevnosti (castellum), ktorá má byť postavená oproti Ostrihomu". Turci pevnosť obrazne nazvali "Džigerdelen Parkani", t.j. "pevnosť zarývajúca sa do pečene (nepriateľa)". Posádku parkanskej pevnosti v 16. storočí tvorilo okolo 200 vojakov, vedno s Ostrihomom okolo 1300 vojakov. Boli tu umiestnené aj delá a časom postavená modlitebňa (džámi). Ostrihom a Parkan sa stali jedným z oporných bodov tureckých lúpežných nájazdov a snáh o získanie nových území. Roku 1544 pri neďalekej Salke Melichar Balassa a František Nyári s vojskom rozprášili tureckú hordu vracajúcu sa z lúpežnej výpravy. Túto bitku zvečnil aj renesančný maďarský básnik Tinódi Lantos Sebestyén. Roku 1581 veliteľ pevnosti Nové Zámky kapitán Pavol Rácz tu zvíťazil nad Turkami, ale Juraj Thurzo bol v ruko 1590 porazený a stratil mnoho svojich vojakov. Roku 1594 sa pokúsilo cisárske vojsko dobyť od Turkov Ostrihom a Parkan, ale výprava grófa Mikuláša Pálffyho a arcikniežaťa Jozefa skončila neúspechom. Pri dobýjaní Ostrihomu padol najvýznamnejší maďarský básnik tých čias Bálint Balassa. V nasledujúcom roku generáli Mansfeld a Pálffy už boli úspešní, ale Parkan bol celkom rozrumený. Vzápätí ho dal Pálffy obnoviť. No v roku 1605, na konci päťročnej vojny, paša Ali obe pevnosti dobyl opäť preTurkov a cisárske vojská odtiaľ odtiahli. Vtedy písal zlomený dvormajster Štefan Illésházy Jurajovi Thurzovi: "...a Nemcom naše hrady nezverujme, vzdali sa Ostrihomu, aj ostatné prepustili Nemci Turkom, nie je to ich vlasť, preto ich to nebolí...". Po uzavretí Žitavského mieru (1606) sa Parkan znovu ocitol v rukách Turkov. Túto skutočnosť potvrdil aj mier podpísaný medzi bojujúcimi stranami 26. mája 1625 pri Kamennom Moste.
  V 60. rokoch 17. storočia sa Parkan ocitá znovu v ohni ťažkých bojov. Roku 1661 Adam Forgách a hlavný veliteľ cisárskych vojsk gróf Raimund Montecuccoli boli poverení dobytím Ostrihomu a Parkanu. Montecucooli sa síce pod Parkanom objavil, ale k boju nedošlo. Nakoniec sa Forgách rozhodol dobyť opevnenie sám. Jeho vojsko však nebolo jednotné a tak sa operácia nevydarila. Forgách ani počas tureckej výpravy v roku 1663 nemal viac šťastia, Turci pri Parkane jeho vojsko obkľúčili a spôsobili mu značné straty. V značnom virvare si poradil iba gróf Mikuláš Zrínsky. 31. augusta 1663 napadol janičiarov vracajúcich sa z Nových Zámkov a pobil ich. Po oslobodení Nitry a Levíc generál Louis Rattuit de Souches tiahol na Parkan. Turci, vidiac nezmyselnosť odporu, stiahli sa do Ostrihomu. Delostrelectvo de Souchesa Parkan takmer úplne zničilo. Obraz zničenej pevnosti si možno utvoriť podľa opisu tureckého cestovateľa Evliya Čelebiho, ktorý časť územia Slovenska precestoval v rokoch 1663-1664: "Leží na rovnej lúke na západnom brehu rieky oproti ostrihomského hradu, v oblasti novozámockej pevnosti. Je to štvorcová, drsná a pevná plotová palanka a silná pevnôstka s terasovito naplnenými múrmi. Z troch strán je zem a na východnej strane je Dunaj. Na všetkých troch stranách je hlboká a široká priekopa...". 

Na jar 1683 sa veľkovezír Kara Mustafa rozhodol zasadiť Habsburgovcom posledný úder, a preto sa so svojou 250 000 armádou vypravil na Viedeň. Súčasne "kurucký kráľ" a spojenec Turkov Imrich Thököly ovládol územie dnešného Slovenska. Turci Viedeň dobýjali od 14. júla do 12. septembra, keď mesto oslobodili vojská poľského kráľa Jána Sobieskeho. Potom kresťanské vojská prenasledovali ustupujúce turecké vojská až k Parkanu. Keď sa Kara Mustafa dozvedel, že najbližším cieľom kresťanov je dobytie Ostrihomu, prevelil na obranu Parkanu budínskeho pašu kara Mohameda so svojím 8 000 vojskom. Kresťanské vojská sa 7. októbra 1683 priblížili k Parkanu. Sobieskeho jednotky tvorili predvoj armády, a napriek zákazu hlavného velenia podnikli samostatnú akciu. Turci Poliakom pripravili pascu a pri "Údolí plaču" (Siralomvölgy) ich 1 500 pobili. 9. októbra zaútočili cisárske a poľské vojská na Parkan. Turecká armáda rátala s pomocou Thökölyho kurucov, ale ten sa nedostavil včas, lebo toto spojenectvo mu už nebolo vhodné. Spojenecké vojská pod velením Karola Lothrinského Turkov pri Parkane porazili a týmto víťazstvom sa začalo ich vytláčanie z Uhorska. Takto sa mesto oslobodilo spod tureckého jarma a zároveň zapísalo do dejín Európy.